La grande occasione allora arriva 14 giugno 2017, con la chiamata del Frosinone che gli affida la panchina e pone come obiettivo quello di riportare la squadra in Serie A dopo l'ultima retrocessione del 2015-2016. Obiettivo centrato a fine stagione dal tecnico, che prima fallisce la promozione diretta all'ultima giornata di campionato (per via del 2-2 casalingo contro il Foggia) ma poi vince in finale play off rimontando il 2-1 dell'andata contro il Palermo.
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L'avventura in Serie A però dura poco e il 19 dicembre 2018, all'indomani della sconfitta interna contro il Sassuolo per 0-2, viene sollevato dall'incarico dopo aver conquistato 8 punti in 16 giornate. Il Frosinone - con Marco Baroni alla guida - poi retrocederà ugualmente, chiudendo al penultimo posto in classifica con 25 punti.
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