Nonostante il brutto cammino nella seconda stagione a Siena, Giampaolo non perde estimatori e il 30 maggio 2010 firma per il Catania. Qui la sua esperienza però dura solo venti giornate. Un'annata dove non riesce a trovare continuità di risultati e di prestazioni. Spesso il Catania cambia modulo, passando da un 4-3-3 al 4-1-4-1 o al 4-2-3-1. Il suo score finale è di 5 vittorie, 7 pareggi e otto sconfitte. In Coppa Italia raggiunge anche gli ottavi contro la Juventus, ma viene sconfitto per 2-0. Quattro giorni dopo Pulvirenti lo esonera dopo il pareggio contro il Chievo Verona. Lascia la squadra al quindicesimo posto al Cholito Diego Simeone, che era agli inizi della sua carriera.
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