Nel luglio del 2009 Moretti lascia il Valencia per fare ritorno in Italia. Ad attenderlo c'è il Genoa che, qualificatosi in Europa League, lavora per allestire una squadra competitiva. La prima stagione in rossoblu è molto positiva, con trentasette presenze complessive condite da un gol. Maggiori difficoltà arrivano nella stagione 2010-11, quando Gasperini concede poco spazio al difensore: a fine stagione, infatti, le presenze sono solamente diciotto. Dopo un'ulteriore stagione con qualche difficoltà, Moretti torna grande protagonista nel 2012-2013, quando arriva a trentatré presenze ed arriva a toccare le cento partite in maglia rossoblu. A fine stagione, però, arriva l'addio al club.
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